O tratamento biológico é precedido por um tanque de equalização. Este tanque recebe o efluente clarificado do tratamento físico-químico (coagulação/floculação e flotação) e também efluente doméstico (sem necessidade de tratamento primário). Após equalização dos efluentes, segue-se o tratamento biológico. 
O tratamento biológico consiste em dois tanques, com sistema de ar difuso. Através do sistema de lodos ativados com aeração prolongada, promove-se a eliminação dos compostos orgânicos desejados.O lodo gerado retorna ao primeiro reator e o excesso de lodo é enviado para um tanque de armazenagem. Esse lodo em excesso é enviado a um filtro-prensa para desidratação. O clarificado segue para tratamento terciário por adsorção.